台灣教會醫療史開始於1865年，中國開放五口通商的次年。英國蘇格蘭長老教會派遣馬雅各醫師(Dr. James L Maxwell)來高雄旗津開設醫館，兩年後遷移到人口較密的台南府，開設西醫館直到1900年，搬到看西街的新樓病院由他的第二個兒子，也是馬雅各接替到1923年。另外教會也在1895年派遣蘭大衛(David Landsborough III) 來中部的彰化開設彰化醫館一直到1936年回英國，而其子蘭大弼醫師(David Landsborough IV)及其夫人高仁愛醫師則到1957年接替了他父親的工作直到1980 年退休。

　　另外台灣北部的滬尾(淡水)，則有來自加拿大長老教會派遣來的馬偕牧師開始為牙痛受苦的人拔牙，也由偕船長夫人的捐贈設立了偕醫館，逐漸演變成為今日的台北馬偕醫院。
這個年代日本人還沒佔領台灣，台灣唯一的西醫科學醫療都是教會的宣教師醫師及看護所提供，1895年日人來台，雖然也開始積極培育本土的醫療人才，但是對西國宣教師醫師對台灣醫療的貢獻，也給予相當的尊重和肯定。

　　第二波的教會醫療是開始於第二次世界大戰之後，由長老會的宣教師孫雅各牧師到中國大陸，特從上海撤退回國的宣教機構來台灣幫助。他們和門諾會組織了東西各一隊的山地巡迴醫療，由美國，加拿大的醫師參與，並開設眼科診所治療砂眼及結核病的療養院，這些機構後來演變成為埔里基督教醫院，嘉義基督教醫院，屏東基督教醫院和台東基督教醫院，天主教的各個差會也在台北，羅東，嘉義，高雄，台東等地都設立醫院，芬蘭的差會在恆春設立醫院。

　　今日教會醫療院所共有21家，總床數13300，佔了全台灣病床的10.3%，約十分之一。