心臟衰竭的外科治療主要有兩大類：機械式循環輔助 (Mechanical Circulatory Support)與心臟移植 (Heart Transplantation)。 常用的機械式循環輔助又包含四種：主動脈氣囊幫浦 (Intra-Aortic Balloon Pump, IABP)， 體外膜肺或稱葉克膜 (Extracorporeal Membrane Oxygenation， ECMO)，心室輔助器 (Ventricular Assist Device)，及全人工心臟 (Total Artificial Heart)。

　　心臟衰竭的根本問題是心臟的收縮力不足，而當藥物治療無效時，才考慮外科的機械式輔助循環或心臟移植。由於機械式的輔助循環無法避免地要與血液接觸，也需要持續的動力，因此衍生許多目前尚未能完全解決的問題。至於心臟移植，雖然免疫的控制在近年來已有很大的進展，且已是心臟衰竭的最好治療方式，但供心者的不足卻是最大的障礙。

　　機械式循環輔助：主動脈氣囊幫浦是目前最常使用於心臟衰竭的機械式輔助。它的置放方式簡單，只要將氣球導管由鼠蹊部的股動脈置入即可，也可使用長達數月之久，但它的缺點是僅能部份地協助左心室，對嚴重的心臟衰竭病人可能無效，而且必需臥床，對病人造成極大的不便；ECMO 也有兩種方式：第一種是同時輔助心臟與肺臟的，第二種則是只輔助肺臟的。雖然 ECMO 能有效地幫助嚴重的心臟衰竭病人得到足夠的循環，但因為血液大量直接接觸人工材料造成的的血球破壞卻相對地較主動脈氣囊幫浦要高，因此不能長期使用，同時病人的活動也受到更大的限制； 心室輔助器的種類繁多，基本上分氣動式與電動式兩類，也有左心室，右心室與雙心室的差別，將它直接銜接在心臟上，可有效地協助心臟的循環功能。與 ECMO 相比，它的好處是有些病人可以下床活動，也可能使用較長的時間，但材料造成的血球破壞與電源供應的問題，仍有待解決； 全人工心臟的功能與心室輔助器相似，不同的是裝置全人工心臟時必須將原來的心臟摘除，由人工心臟完全取代心臟的功能，它的好處是提供更完整的循環輔助，但仍有血球破壞，電源供應，與無法太長期使用的問題。

　　心臟移植：自1954年Dr. Murray 完成第一例成功的人類腎臟移植後，正式開展了器官移植醫學。受限於排斥的問題，早期的成果並不十分理想，直到1980年代，有了Cyclosporin 的應用，使得器官移植的成功率大為提昇，造就了心臟移植成為對心臟衰竭的最佳治療方式。近年來在抗排斥方面的藥物研究也獲得更大的進展，提高心臟移植的長期存活率。雖然如此，心臟移植始終受限於捐贈器官的不足，往往無法在病人最需要的時候得到立即的治療。