台灣消化醫學會、肝癌醫學會、肝臟醫學會及國家衛生研究院曾分別召集國內肝癌專家，包括內科、外科、放射診斷科疾病理科醫師，並參考美國、日本及亞太肝病學會最新公佈之診療指引，召開多次會議，冀能制定符合台灣的診療指引，包括篩檢、診斷、分期、治療及追蹤，並附上證據強度，以作為診治時的參考。

　　篩檢：肝癌之高危險性族群應定期接受篩檢（證據等級一、E-I）；篩檢應使用超音波及AFP檢查（E-II）。肝癌高危險患者應每6-12個月作一次篩檢（E-II）；肝硬化患者可每3-6個月作一次篩檢（E-IV）；肝癌經根除性治療後，建議每3-6個月作一次篩檢（E-III）。
肝癌診斷：在肝硬化下，大於2公分之結節，必須在dynamic CT, MRI及contrast-enhanced ultrasound三種檢查中，至少其中之一呈現肝癌之典型血管特徵（arterial enhancement 合併在portal or delay phase有wash-out現象），即可診斷肝癌；介於一至二公分之結節， dynamic CT或MRI之中至少有一種呈現肝癌之典型血管特徵，再加上血清AFP超過200ng/ml或動脈血管攝影呈現肝癌影像即可診斷肝癌；若不符合上述特徵，或無肝硬化時，建議實施肝臟切片檢查（E-II）。小於一公分之結節，每3至6個月以超音波追蹤，若經過兩年結節沒有增大，可恢復為一般肝癌篩檢的頻率（E-III）。建議八：若肝腫瘤切片結果為陰性，則每3至6個月以超音波或電腦斷層追蹤檢查，直至結節消失、變大或是呈現肝癌之診斷特徵；若結節變大，但仍無肝癌之典型特徵，建議重新安排切片檢查（E-III）。

　　肝癌分期：在台灣，Okuda 、BCLC、CLIP 、JIS、TNM等系統皆可被應用（E-II）。治療 建議十：沒有肝硬化或是肝功能代償良好的肝硬化患者，1至3個肝癌以手術切除治療為主（E-II）；若單一腫瘤不大於5公分、或2至3顆腫瘤且最大者小於3公分時，可依患者狀況考慮局部消融治療（E-II）。 建議十一：切除手術的前後，目前並不建議常規給予肝動脈栓塞（E-II）或化學治療（E-III）。 建議十二：若肝癌合乎米蘭規約（Milan criteria），肝移植手術為有效之治療選擇（E-II）。台灣外科醫師共識，若腫瘤大小超過米蘭規約，但符合舊金山大學規約（UCSF criteria：單一腫瘤不大於6.5公分，或2至3顆腫瘤、最大者小於4.5公分且總直徑不大於8公分），亦可依患者狀況施行移植手術（E-III）。 建議十三：若等待移植之時間預期超過六個月，應在手術前先給予腫瘤肝動脈栓塞或局部消融治療（E-II）。 建議十四：局部消融治療安全且有效，對於不適合手術切除的患者，可採取局部消融治療（E-II）。 建議十五：兩公分以下之腫瘤，射頻燒灼與酒精注射的效果相當，但是前者對於任何大小的肝腫瘤達成壞死之效果較後者可預測（E-I）；對於較大的腫瘤，射頻燒灼的治療回合、住院天數、完全消融率、局部復發率與總存活率皆較酒精注射佳（E-I）
建議十六：動脈栓塞化學療法 (Transarterial chemoembolization) 對於不適合手術治療之大腫瘤或多發性腫瘤、且無血管侵犯或肝外轉移時，為第一線之非治癒性療法（E-I）。建議十七：對於晚期(advanced)肝癌且肝功能仍佳時，可以使用Sorafenib治療 (E-I)。對於Child-Pugh B的患者應謹慎使用之（E-II）。