2009年台灣境外移入確定病例數總計536例，約佔全年總確定病例10.8%。境外移入傳染病病例數前三名依序為登革熱（204例）、阿米巴痢疾（67例）及傷寒（64例）。感染來源以東南亞國家為主，前三名依序為印尼、越南及泰國。旅遊風氣盛行，加速了各種傳染病之傳播。不管是商務、娛樂或探親，各式各樣的人口交流，讓地處亞熱帶的台灣面臨許多熱帶或新興傳染病之威脅。

　　台灣疾病管制局在國際機場及各主要港口皆設有檢疫辦公室。檢疫業務包括船舶、航空器及人員檢疫工作，船舶及港區之衛生管理等。所有國際旅客抵達台灣，都需要經過紅外線體溫掃瞄。發燒或有傳染病症狀之旅客，需要填寫傳染病防制調查表，並由地方衛生局追蹤後續健康狀況。檢疫官認為必要者，則進行相關檢體採樣或後送就醫。2009年，國際機場一千兩百多萬入境旅客中，發現一萬七千多名有症狀之旅客。其中118名檢出為登革熱患者（佔2009年境外移入登革熱病例總數之57.8%），23名罹患桿菌性痢疾，6名屈公熱病患，1名瘧疾病患。另外在H1N1新型流感流行前期（4月27日至6月19日）執行之檢疫措施，檢出21名新型流感患者。

　　針對大量來自東南亞之外籍勞工，疾病管制局則委託各醫院執行健檢業務。健檢內容包括胸部X光檢查，梅毒、愛滋病及腸道寄生蟲檢查。自2009年起，亦需檢附麻疹及德國麻疹之抗體證明或疫苗施打證明。整體來看，平均有1.75%勞工檢出異常。

　　自2006年起，疾病管制局與11家合約醫療院所合作提供旅遊醫學服務。門診提供旅遊相關疫苗施打、瘧疾預防藥物、返國後疑似傳染病之診治，及其他旅遊健康問題之諮詢。雖然去年申請黃熱病疫苗施打之總人數將近四千人次，申請專案進口之瘧疾預防用藥者(Mefloquine, MalaroneR(atovaquone and proguanil hydrochloride))將近一千六百人次，但仍有不少旅遊人士缺乏正確之疾病預防觀念。在疾病無國界的時代，疾病管制局將致力推廣旅遊醫學，隨時提供民眾正確之傳染病及旅遊健康資訊。