1994年幽門桿菌被世界衛生組織公告為胃癌第一型致癌因子 (Type I carcinogen by WHO)，根除幽門桿菌(H. pylori eradication)已然成為治療潰瘍甚至避免胃癌之重要步驟。依據2007年 Maastricht consensus推荐根除幽門桿菌之第一線用藥以PPI-based triple therapy 7-14 days為主。近年來選擇Quinolone取代Clarithromycin之triple therapy 7-10 days及Sequential therapy (5+5 days) 根除幽門桿菌之成效亦值得推荐，另一方面於第一線用藥亦有直接選擇Quadruple therapy之本土經驗，成績良好。於第二線用藥之選擇，有四大方向：1) Quinolone取代Clarithromycin之triple therapy 7-10 days; 2) Quadruple therapy with bismuth salts; 3) supplementation with probiotics to quadruple therapy; 4) Sequential therapy (5+5 days)。至於如何決定第二線用藥與第三線用藥，除了須明瞭第一線用藥之細節，另外亦須考量各地區對於抗生素抗藥性之比率趨勢，甚至直接檢測幽門桿菌之抗生素抗藥性(Antimicrobial resistance)是於第三線用藥選擇之重要參考。