已知幽門螺旋桿菌會引起許多腸胃道疾病,如消化不良、胃炎、胃潰瘍、十二指腸潰瘍和胃黏膜相關組織淋巴瘤(MALToma),甚至會造成胃癌。部分研究顯示此菌感染會減少逆流性食道炎之發生,但此一部分仍待更多研究證明。大約30∼70%之消化不良病患、100%的慢性胃炎、95-100%的十二指腸潰瘍病患、70-80%的胃潰瘍病患、以及90%的胃癌病患在其胃黏膜可發現幽門螺旋桿菌的存在。在以往之回溯型研究指出,幽門螺旋桿菌血清學試驗陽性者罹患胃癌之相對危險性為陰性者的3.8倍,若比較15年前之血清即含抗幽門螺旋桿菌抗體者,則罹患胃癌之相對危險性甚至為血清試驗陰性者的8.7倍。因此1994年國際癌症研究組織(International Agency for Research on Cancer (IARC)將幽門螺旋桿菌列為第一級的胃癌致癌因子。但大部份感染的人終其一生都是呈現無症狀的慢性胃炎,約有10%到15%的人會得到消化性潰瘍,小於1%的人會得到胃癌,更少的人(約0.01%)會罹患胃黏膜淋巴瘤。
幽門螺旋桿菌感染兒童後,造成相關之疾病仍以消化性潰瘍及胃炎為主,當然也可能合併生長遲緩及惡性貧血等症。以兒童來說,消化不良又伴有腹痛現象者,病因多為此菌(30至70%)。成人在剛感染此菌的時候,可能會有消化不良的症狀,包括上腹部不適、打嗝、放屁、嘔吐、腹鳴、腹脹等急性胃炎的症狀。但大多數人再慢慢適應後,反而沒有症狀。