我國的全民健康保險實施十五年以來，在民眾支持、醫界配合之下，以極為有限的經費，提供全民適切的醫療，可謂得來不易。但是，現行健保有若干問題逐漸浮現：
一、以經常性薪資作為費基，保費負擔集中在受薪階級，而勞動所得成長速度慢、隨經濟的成長與發展，其佔國民所得的比例也逐漸下降，這些都不利於保費的收取。尤其是有高額薪資之外所得的人僅繳少許的保費，引起重大公平性爭議。
二、現行健保係以「被保險人＋眷口」的方式計算，對於多眷口的家戶負擔相當重。
三、健保收入與支出由於透過不同的決策體系，形成彼此沒有連動的狀態，馴致健保費用的短絀難以合理解決，且有日益擴大的可能。
四、民意高漲之下，民眾對於健保資源的使用合理性屢有質疑。
在財源籌措方面，二代健保把費基擴大到包括股利、利息、權利金、超過一定額度的退休所得等都包含在內，且不再計算眷口數，而以報稅之稅籍戶為單位。這樣可以擴大費基、降低費率，減輕薪資所得者的負擔；也因為不再計口，也可以減輕多眷口家戶的負擔。健保財源籌措方式的改革，主要是要讓健保財務在比較健全的基礎上，可以有助於健保的永續經營。
二代健保把現在的全民健保監理委員會及費用協定委員會合而為一，且擴大民眾參與，使健保的收入與支出在一套機制，且有民意基礎之下做出。這項改革，應該是整個二代健保中影響最為深遠的一項。
二代健保同時規範醫療品質與醫院財務的揭露，以提供民意監督的基礎。同時，規範藥品交易契約格式，以取得藥品交易的正確資料，作為藥價調整的依據。
二代健保經由這些制度的變革，企圖在公平、品質、與效率上都可以獲得改善。