2009年4月28日當世界衛生組織（WHO）宣布將流感大流行分級從phase3提升為phase4時，我國同步於當日成立H1N1新型流感中央流行疫情指揮中心，並公告為第一類法定傳染病，展開後續的防治措施。WHO於2009年6月11日發布提升H1N1新型流感疫情為phase6，也就是世界大流行（pandemic），依據對新流感病毒的瞭解，宣告為溫和（Moderate）大流行，同時呼籲各國依據其防疫能量採行相關防治策略，並建議單靠圍堵策略不能完成有效阻絕病毒的入侵，宜採行減災的策略等。因此，我國於2009年6月19日將H1N1新型流感自第一類法定傳染病移除，改為流感併發重症時列為第四類法定傳染病。當疫情趨緩後，中央流行疫情指揮中心於2010年2月24日奉行政院院長核定同意解散，共運作302天，召開過43次會議。自2009年11月1日起開始實施H1N1新型流感疫苗預防注射，總計使用約566萬劑，全國大約25％接種率，此次疫情，統計至2010年4月18日，國內共累計917例H1N1新型流感住院病例，其中41例死亡。

　　自2003年發生SARS後，從SARS的經驗，這幾年政府部門執行多項因應流感大流行的準備工作，諸如認知新興傳染病的流行所造成的可能衝擊是關係著國家安全，面臨傳染病的挑戰，必須要有類似軍事作戰的指揮系統，平時培訓專業人才（例如：具流行病學訓練的醫師），儲備防疫物資（防護裝備、抗病毒藥品及疫苗等），健全醫療體系以因應分級照護之需求，同時也需要有多元的大眾溝通方式，將相關防疫訊息正確而有效的傳達，藉以降低民眾的恐慌。

　　2009年4月28日成立H1N1新型流感中央流行疫情指揮中心後，行政院指派衛生署署長擔任指揮官，同時由行政院副院長擔任總指揮官，統籌指揮協調相關部會投入防疫工作，這期間中央結合全國25縣市的地方流行疫情指揮中心，透過6個區域傳染病防治醫療網區指揮官的協助之下，展開了一系列的防治策略；諸如動態蒐集國際疫情資訊、進行疫情病毒監測分析，提供調整防治策略的參考；在尚未有疫苗的時期，加強呼吸道衛生咳嗽禮節及手部衛生的習慣，校園部份採用325停班停課標準；提高抗病毒藥物的儲備量（10%→25%），設置流感診所（2920家）及醫院流感門診（96家），以利類流感民眾就醫採行必要的流感快篩及抗病毒藥劑之使用。另外採購1500萬劑疫苗（國光1000萬劑，諾華500萬劑）自2009年11月1日起執行預防注射，總計分12個序位，依序施打，並於2009年12月12日為全民開打日，當日有約57萬人接受疫苗注射。

　　H1N1新型流感疫情自2010年2月全球疫情持續降溫，國內第二波疫情確定結束，因此於2010年2月23日報請行政院同意解散中央流行疫情指揮中心，衛生署仍將持續辦理各項疫情監視，並透過IHR與WHO密切聯繫；自4月1日起減縮疫苗接種據點，持續不良反應監測及受害救濟審議；以公費儲備之抗病毒藥劑支應防疫所需並鼓勵維持衛生行為。本次疫情控制經驗與教育極為寶貴，未來將據以檢討，更新策略規劃，以備下次流行疫情控制之需。