自體免疫性疾病患者不常發現淋巴結腫大，直接與疾病相關的淋巴結腫大可以由三個層面來分類：第一是治療過程中所引起的，例如：免疫化療抑制劑methotrexate或是器官移植病人使用免疫抑制劑而形的淋巴細胞增生症。第二是自體免疫性疾病中較特別的種類，乃是疾病本身所引起的，例如：自體免疫淋巴增生症候群(ALPS)或IgG4症候群。第三是自體免疫性疾病合併而衍生出的淋巴系腫瘤，這類淋巴系疾病，主要是淋巴瘤。淋巴腫大在自體免疫病患身上所造成的機轉各有不同，可能來自藥物對DNA的傷害或因不正常的細胞激素分泌而導致淋巴球的增生，或可能來自病毒、細菌造成淋巴球的異化(transformation)。
了解自體免疫疾病合併的淋巴結腫大有助於診斷及用藥，自體免疫病人同時罹患淋巴瘤在治療上或預後並不差於原發淋巴瘤的病患。