雖然這十數年有許多的藥物期待能用於急性腦梗塞中風的治療，靜脈血栓溶解劑組織纖維蛋白溶?原激?（alteplase, tissue-type plasminogen activator, tPA）仍是迄今唯一認可的有效治療，各國的中風處置指引皆列為第一證據等級與最強推薦。美國國家神經疾病與中風研究院（NINDS）於1995年發表的研究顯示，中風發生後3小時內使用tPA可明顯改善中風的嚴重度，減少30%的重殘，但死亡率未改變，且有較多腦出血的比率（症狀性腦出血比率為6.4%，對照組為0.6%），隔年FDA即核可使用。在使用後的大規模登錄研究（Safe Implementation of Thrombolysis in Stroke Monitoring Study, SITS-MOST）也確立急性缺血中風3小時內治療的有效性與安全性。台灣於2002年通過可使用，但2006-08年台灣多醫院腦中風登錄研究僅1.5%的急性腦梗塞中風病患接受此治療，因此有須要加強與提升急性中風照護品質，現今的急救責任醫院能力分級認定與醫策會的品質突破系列都希望能提升品質。除了alteplase，尚有數種血栓溶解劑，包括streptokinase, urokinase, destemoplase, tenecteplase等，有些的臨床治療效果不佳（streptokinase），有些則尚在臨床試驗階段（destemoplase, tenecteplase）。

　　心房顫動（Atrial fibrillation, AF）約佔所有缺血性中風的15-20%，AF會提高5倍中風的發生，AF患者未服用抗凝血劑則每年發生中風的機會是2.5-4%。過去warfarin一直是AF患者的主要選擇，但warfarin使用的許多不便導致AF患者使用warfarin的比率一直不很高。新的口服抗凝血劑強調其不需血液監測凝血指數與不易與其他藥物交互作用的優點，包括作用於thrombin (factor IIa) 的dabigatran、抑制factor Xa的Rivaroxaban與Apixaban等，陸續完成的幾個重要臨床試驗顯示新的口服抗凝血劑不輸於warfarin的效果，中風再發生、系統血栓事件、與出血的風險均較低些。但新的口服抗凝血劑的高昂價格、無適當的檢驗項目評估其抗凝功能是否在治療範圍內、若患者出現出血或是需要進行緊急手術時目前沒有解藥可以中和轉化其抗凝功能、腎功能不全的使用限制、胃腸道不適或出血的比例較高等是未來使用上需考量。