臺灣之畢業後藥學教育始於1980年教育部委託臺大醫學院所提供的「國內醫事師資及醫事人員在職進修訓練」。訓練對象為學校、行政機構、教學醫院之年資兩年以上之醫事人員，進修期間半年至一年，可以是部分時間或全時訓練，可以在學校選課或至醫院實習。培養不少資深藥師，回院改善該院藥事服務。

　　1993年，鑑於國內四年制之藥學教育無法提供完整之臨床藥學訓練，而歐美藥師養成教育均為6年制，成大與臺大分別成立臨床藥學研究所及藥學研究所醫院藥學組，提供教育體制內，畢業後臨床藥師養成教育。之後其他大學陸續成立類似學程，每年約有5%藥學系畢業生可以得到訓練，是各醫院臨床藥師的主要來源。

　　2007年醫策會開始辦理「教學醫院2年期醫事人員教學費用補助計畫」，藥師是首批參與之醫事人員，訓練畢業四年內之新進藥師，總人數僅次於護理。醫院並未因此計畫而增加藥師教學人力；新進藥師原就屬於人力的一部分，在其未能完全獨立行使業務前，資深藥師除須負擔更多的教學責任外，也要負擔新進藥師的部分工作。許多醫院受訓之新進藥師超過全部藥師之25%。約有50%新進藥師的藥師訓練一兩年後離開醫院，多數投入社區藥局或擔任診所藥師，造成醫院藥師人力更形吃緊。是執行該計畫最辛苦的醫事人員。

　　四年制藥學教育培養的藥師，透過此計畫所提供有結構、有制度的新進藥師訓練，可以提升並深化從事傳統藥事服務的專業核心能力，但很難培養他們從事臨床藥事服務的能力。臺灣臺大藥學系於2009年開始6年制Pharm.D.教育，北醫與成大也將於2014年跟進。未來應效法先進國家，部分畢業生可以經已認證的住院藥師訓練計畫，於一年增加相當於3~5年由一般藥師工作所得到的執業經驗，完成連貫式之藥學教育與訓練。