禽流感一直穩定的存在野鳥的腸管，隨著候鳥遷移而散布到世界各地，由候鳥傳給水禽，再由水禽傳給家禽，在家禽有免疫的壓力，並轉變為高病原性的毒株。下列為評定病原性的方法，接種雞隻造成75%以上死亡率，或雞隻靜脈內病原指數 (intravenous pathogenicity index, IVPI) 大於1.2者為高病原性毒株；為減少使用實驗動物，多以定序方法探求其病原性，HA的切割位序列含有4個鹼性胺基酸以上者為高病原性毒株。第11個胺基酸N的醣基化的消失，也使病原性增高。

　　台灣的H6N1病毒已在養禽場存在41年以上，為禽場常見的低病原性禽流感病毒。其HA序列及IVPI都顯示其低病原性的特性。台灣的豬隻亦曾有H6N1的抗體，顯示豬隻曾被H6N1病毒感染，但其傳播能力遠比在雞群低。2000年初開始HA出現G228S，與2013年感染人的病毒相同，但其PB2皆為E627，並未出現感染人的E627K。

　　2003年12月台灣雞隻首次發生H5N2，其病毒的HA及NA基因與墨西哥毒株相近，內部6段基因則來至台灣的H6N1病毒。2004年，共發生24場，撲殺38萬隻雞；雖然撲殺感染雞隻，但並未撲滅病毒，同一病毒一直流傳至今，演化為高病原性的。由抗體顯示，2003年之前雞隻病無抗H5抗體，之後則一直有抗體存在。

　　2013年3月中國發生H7N9禽流感感染人的案例，其病毒皆由活禽市場來的，官方資料示H7N9病毒陽性率0.027%；但3月31日，研究單位在上海活禽市場採樣，分離率達7%。一般由活禽市場採樣，禽流感分離率約為10%，H7為1.6%。由人分離到的H7N9可以在雪貂傳染，由禽分離到的H7N9則否。台灣曾於鴨及候鳥分離出H7N7及H7N9病毒。

　　由實驗室的研究結果得知，培養的氣管上皮細胞顯示家禽纖毛細胞接受體的醣鍵型式為2,3鍵連結，杯狀細胞接受體多含2,6鍵連結，禽流感病毒好感染纖毛細胞；人的纖毛細胞接受體多含2,3鍵連結，非纖毛細胞接受體多含2,6鍵連結，人流感病毒好感染非纖毛細胞。另尋求單株抗體的抗原決定位，發現其作用部位與接受體接近，因此具中和能力，可能有診斷與發展廣效疫苗的應用價值。

　　由中國的經驗得知，活禽市場為病毒的主要污染源，應加強監測，防止病毒散佈，保障人類的安全。