流感病毒共有三種血清型（A型、B型及C型），臨床上，只有A型及B型會在人群中造成廣泛流行，因此疫苗的開發是針對A型及B型流感病毒。流感病毒共有8段基因，不同病毒感染到同一細胞會造成基因重排(reassortment)，再加上A型流感可感染人類及多種動物，以及HA基因會不斷突變，使得A型流感病毒在人群中有很複雜的流行型態。一般而言，A型流感病毒在人群中的流行有三種型態：全球性大流行(pandemic)、季節性流行(seasonal epidemic)及人畜共通傳染(zoonotic transmission)。自從1977年以來，三種流感病毒型別一直持續在人群中造成流行（A/H1N1, A/H3N2及B型），因此目前市面上的流感疫苗皆包含此三種病毒株，這種三價疫苗一般稱為季節性流感疫苗或常規流感疫苗，此外，因有2種B型流感病毒(Victoria lineage 及Yamagata lineage)交錯流行，因此季節性流感疫苗已逐漸改成四價疫苗(A/H1N1、A/H3N2、B/Victoria及 B/Yamagata)；而針對H5、H7及H9流感病毒所開發出來的疫苗則稱為新流感疫苗(novel influenza vaccines)或大流行流感疫苗。目前已上市的流感疫苗依病毒活性可分為注射式不活化疫苗及鼻腔接種式活性減毒疫苗。其中不活化疫苗已在全球上市，而活性減毒疫苗只在部分國家上市。已上市的不活化流感疫苗依抗原大小不同又可分為全病毒疫苗、裂解抗原(split antigen)疫苗、次單位疫苗及類病毒體(virosome)疫苗，此外基因重組HA蛋白疫苗於2013年在美國取得上市許可，目前上市的季節性流感疫苗以裂解疫苗為主。新流感病毒主要來自禽類或豬，禽流感依據其在禽類的致病力而區分成高病原性(HPAI)及低病原性(LPAI)。從2003年至 2013 年8月29日高病原性H5N1禽流感已在15個國家造成637住院病例，其中死亡病例378例，致死率高達59%，未來可能爆發全球疫情，世界衛生組織(WHO)於2004年開始提供H5N1疫苗株鼓勵疫苗廠開發H5N1疫苗，目前已有數種H5N1疫苗上市，因H5N1裂解疫苗及次單位疫苗的致免疫力較全病毒疫苗差，因此，大部分上市的H5N1疫苗為全病毒疫苗。而豬源性pandemic H1N1 (pH1N1)流感則於2009年造成全球大流行，估算全球死亡病例約284,500例，pH1N1疫苗與季節性流感疫苗較相似，目前已納入季節性流感疫苗。2004年台灣發生低病原性H5N2禽類疫情，2008年10月高雄縣蛋雞場又爆發低病原性 H5N2 禽流感流行，並已於 2012 年轉變為高病原性，造成台灣彰化及高雄等5個養雞場疫情，台灣地區的禽流感H5N2病毒已在地化，並在家禽業者造成不顯性傳染，因此應透過跨部會合作，著手開發人用H5N2流感疫苗，盡到全球流感防疫的責任。中國大陸於102年3月31日起爆發人類感染H7N9禽流感疫情，截至5月22日止，已有130人感染，36人死亡。雖然在5月中以來，疫情已趨緩，但因此次疫情的病毒來源仍不明，已有4起群聚案件，且病毒已發生HA及PB2等基因的多部位突變，WHO於5月21日也宣布未來不排除人傳人疫情，有鑒於中國大陸H7N9病例的分布廣泛，台灣緊鄰疫區且已有一例境外輸入病例，今年冬天可能將再度面臨威脅，因此，台灣有必要在疫苗研發上及早準備。