台灣於1984年發現第一位愛滋感染個案。之後，感染人數微幅穩定成長，然而在2003年以後，個案數急遽增加，2004年一年新增1,520例，2005年新增3,380例為史上最高，2006年後疫情反轉，當年個案數為2,918例。疫情之陡升，經分析，係由注射藥癮者(PWID)間的流行所引發，但由於政府快速反應，啟動跨部會機制，全力推展減害計畫，疫情得以快速控制。然而在控制住注射藥癮者之愛滋疫情的同時，經由性行為傳播的動能，卻仍持續累積。每年新增個案數，在注射藥癮者的部分持續下降，但在男男間性行為者(MSM)的人數卻不斷攀升，疫情曲線在2009年觸底反彈，之後一路上揚，截至2012年底，累計通報個案數為24,239例，其中9,725例發病，3,771例死亡。

　　 2012年新通報個案的年齡分布以20到29歲1,089例最多，佔所有通報個案的49.0%，其次30到39歲者有676例，佔30.4%。新通報個案的平均年齡為31.1歲，呈逐年下降的趨勢。近年新通報個案之感染途徑，九成以上為經由性行為感染。新通報個案中，97%為男性，3%為女性。通報個案的地理分布，以都會型縣市居多。

　　我國建置有個案通報及篩檢體系，約五成個案係由醫院通報，匿名篩檢發現的個案佔總通報個案數之28%，約有10%的個案係由民間團體及衛生局所辦理的各項篩檢服務發現，為主要個案發現的管道。雖然我國建立了多元化及友善的篩檢管道及就醫服務，並鼓勵愛滋病篩檢，然而仍有3到4成的個案，在通報一年內即發病。

　　政府自1988年開始即提供感染者免費治療，1997年引進雞尾酒療法，現今愛滋病致死率已大幅降低至0.71%。

　經評估，可能還有三成的感染者，不知道自己的感染狀態。目前存活的感染者，88%已經聯結到醫療體系；就醫個案中，94%持續接受照護；目前服用雞尾酒療法者已逾13,000人，81%的感染者得以控制到極低的病毒量。