停經荷爾蒙治療療法數十年來的使用，使得婦女不再忍受更年期症狀，大為改善停經婦女生活品質，能夠預防骨質流失，減少骨折發生率，甚且降低死亡率。因為2002年WHI研究報告指出停經荷爾蒙治療可能導致乳癌發生率上升，由於媒体負面的報導，近十年來、荷爾蒙治療使用頻率急速下降，使得眾多婦女不再能得到荷爾蒙治療的益處。
　　詳細分析WHI報告，於平均63歲停經婦女給予CEE(conjugate equine estrogen) + MPA (medroxyprogesterone acetate) 超過6年時間，乳癌發生率比上對照組婦女，HR 是 1.24。若是探討試驗組婦女進入研究前是否曾經使用荷爾蒙治療，結果顯示以前從未使用荷爾蒙的婦女，給予CEE+ MPA 6年，並未增加乳癌發生率。而以前使用荷爾蒙的婦女，給予CEE+ MPA 6年後，乳癌發生率則有明顯增加。尤其是曾經使用荷爾蒙超過5年的婦女，給予CEE+ MPA 6年後，乳癌發生率大幅增加，HR 大於2.0。2002年WHI研究的另一組研究，針對子宮已經切除的婦女，單純給予CEE 6年後，乳癌發生率並未增加，而且呈現降低的趨勢，HR 是 0.77。
　　乳癌發生率佔婦女癌症20%以上，近年來已經是台灣婦女最常見的惡性腫瘤。台灣婦女乳癌發生率與歐美有些差異，歐美婦女乳癌發生的高峰是60歲以上，而且乳癌組織大多為lobular carcinoma。台灣婦女乳癌發生的高峰則是40-55歲，而且乳癌組織大多為ductal carcinoma。近十年來、荷爾蒙治療使用頻率急速下降，歐美婦女乳癌發生率也隨之下降；但是於台灣，雖然荷爾蒙治療使用頻率下降，婦女乳癌發生率仍然持續上升。因此、台灣婦女乳癌發生的機轉可能與歐美婦女不同。
　　2013年全球更年期專家對停經荷爾蒙治療提出的共識，給婦女相當完整明確的治療準則：包括停經後荷爾蒙治療是停經血管收縮症狀最好的治療方法。50歲以上婦女因荷爾蒙治療而造成的乳癌風險增加的牽涉的因子很多；荷爾蒙治療對乳癌的主要風險是來自於加入黃體素，與使用的期間長短有關。其實停經後荷爾蒙治療所造成的乳癌風險很低，而且一旦停止使用荷爾蒙其風險就會下降。而目前以安全性考量之證據，不支持乳癌存活者使用停經後荷爾蒙治療。