臨床上門診常遇見一些有上胃腸道不適症狀的病人，但利用內視鏡、超音波或X光攝影檢查仍找不出可以解釋解釋症狀的病灶，這些病人常被歸類為功能性胃腸道疾病(functional gastrointestinal disord ers)，功能性胃腸疾病是已開發國家最普遍的腸胃道文明病，門診病人數僅次於感冒門診，並且是消化科醫師處理最多的問題。功能性腸胃疾病的特徵，在於它是一群慢性、反覆發作卻無法找出解剖學病變和生化學異常的腸胃症狀。在上腸胃道（食道、胃、小腸）常見的是功能性消化不良（functional dyspepsia）。根據1997年一份台灣隨機電話調查所得之結果，台灣地區15歲以上民眾，約有24% 的人符合功能性消化不良之診斷，另有18%的人為腸激躁症所苦，其中有11%的人同時患有兩種疾病。2004年臺北榮民總醫院胃腸科研究報告，在2018位接受健康檢查之受檢者中，發現功能性消化不良的盛行率，約為23.8% (依據ROME-II診斷標準)及11.8%(依據ROME-I診斷標準)，其中女性較男性盛行率。世界上胃癌發生率較高的地區包括日本、智利、冰島及芬蘭，台灣亦是罹患率不低的地區。一般以50∼70歲為最好發年齡，但在小於40歲的胃癌仍然會遇見，其中女性多於男性。因此建議對年輕族群仍需小心診斷，及早安排胃鏡檢查。如果能確診是功能性消化不良對治療有很大的幫助，所以判斷做胃鏡的時機很重要。胃鏡檢查的時機依國情不同而異，日本胃癌發生率高，內視鏡檢查普遍，而且收費不高，技術也先進，早期胃癌已經可以在內視鏡下切除，不需要開刀。歐美國家胃癌發生率不高，內視鏡檢查收費高，因此胃鏡檢查時機的考量較為嚴格較為嚴格。台灣的內視鏡檢查普遍而且收費不高，在服藥一段時間仍然無法改善，皆可考或合併危險因素時因及早安排內視鏡檢查。許多報告指出幽門桿菌的感染可增加胃癌的發生，台灣的結果顯示胃癌患者有較高的感染率，一項在馬祖地區研究也證實治療幽門桿菌可以降低胃發炎及胃癌前期病變，因此在胃鏡檢查時可同時檢查是否有幽門桿菌感染。台灣是病毒性肝炎高盛行率地區，而且肝癌名列十大癌症第二名，因此超音波在必要時可以幫助鑑別診斷，並可排除是否有膽結石。胃腸功能性的檢查在特殊族群的病人，可能有助於診斷與療效的評估，尤其是有胃排空異常的狀況。功能性消化不良的病人也常與腸躁症以及胃食道逆流疾病並存，因此會增加診斷與治療上的困難度。