腸病毒感染是台灣本土性疾病，腸病毒分為科沙奇A、科沙奇B、伊科病毒及新型腸病毒如腸病毒71型。台灣地區在1998年發生大爆發之後，這幾年每隔3-5年都會發生腸病毒71型的流行，雖然在診斷及治療上的進步使得腸病毒71型造成腦炎的死亡率已有下降，但此病毒造成的重症仍是兒童健康最大的威脅。腸病毒71型的疫苗近年來各國都努力研發，大陸進展最快，已經作完第三期臨床試驗，台灣目前進入第二期臨床試驗。大陸以6個月至三歲共約1萬名孩童所作臨床試驗發現：隔28天施打兩劑非活性腸病毒71型疫苗後，追蹤一年，對於預防腸病毒71型所引起的手足口病或咽喉炎之效用（vaccine efficacy）為100%。98.8%的兩劑疫苗接種可產生免疫反應，而中和抗體大於或等於1：16就具有預防感染的保護力。所以，不久的將來腸病毒71型的疫苗應可上市使用。另一方面，在B型嗜血桿菌及肺炎鏈球菌結合型疫苗相繼上市使用之後，兒童得到腦膜炎的個案就逐漸減少，但是有一種在非洲及歐美較常見的細菌性腦膜炎，也就是腦膜炎雙球菌(Neisseria meningitidis)感染依然是台灣地區兒童潛在的一個威脅，此菌引起的腦膜炎好發於嬰兒及青少年，個案雖然不多，但致死率極高。腦膜炎雙球菌有A、B、C、Y及W-135這幾種血清型，針對A、C、Y及W-135的多醣體疫苗及結合型疫苗已發展出來並已在使用，但B型腦膜炎雙球菌的莢膜因為有多重唾液酸結構(polysialic acid units)，在人體神經組織亦有相似結構，因此疫苗研發一直無法成功。近年來拜生物科技的進步，研發終於有所突破，利用四種腦膜炎雙球菌的主要表面抗原做成的蛋白次單位疫苗，初步試驗發現不論在嬰兒或青少年都有很好的免疫性(immunogenicity)，而且在18到24個月之後抗體依然很高，除了短暫發燒及局部副作用之外，此疫苗在臨床試驗中並未見到嚴重副作用。根據研究，在八個歐洲主要國家、美國、加拿大、巴西、澳洲所流行的B型腦膜炎雙球菌中，66%到91%可以被此疫苗所涵蓋，因此在不久的將來這種B型腦膜炎雙球菌的蛋白疫苗可望在這些國家上市。