由於抗藥性細菌持續增加及擴散，世界衛生組織(WHO)於2011年將「對抗抗生素抗藥性」訂為世界衛生日之主題，強調「今日不採取行動，明日則無藥可治」，以呼籲各國對抗藥性議題之重視。
　　依據台灣院內感染監視資訊系統(TNIS)針對區域級以上醫院加護病房醫療照護相關感染個案之監測結果顯示，近10年來細菌之抗藥性多呈現上升趨勢，2013年抗甲氧苯青黴素金黃色葡萄球菌(MRSA)、抗萬古黴素腸球菌(VRE)、抗碳青黴烯類鮑氏不動桿菌(CRAB) 及抗碳青黴烯類克雷白氏肺炎桿菌(CRKP)之抗藥性比例分別約72.1%、26.0%、74.7%及14.0%。
　　抗藥性細菌之感染會增加病人之住院天數、死亡及醫療費用。國內研究指出，感染多重抗藥性鮑氏不動桿菌之菌血症個案相較於感染非抗抗藥細菌個案，住院天數延長13.4天及增加額外費用約新台幣11萬元。
　　為加強國內抗藥性細菌防治，本署採取多面向防治作為，包含持續透過TNIS系統、抗碳青黴烯類腸道菌(CRE)與抗萬古黴素金黃色葡萄球菌(VISA/VRSA)抗藥性檢測及科技研究計畫等，加強抗藥性細菌監測；推廣手部衛生、多面向組合式照護計畫等，強化醫院感管措施；制訂抗藥性微生物防治指引，提供醫院依循；透過醫院評鑑及感染管制查核作業，加強醫院建立抗生素管理機制及多重抗藥性防治措施。
　　此外，本署參考WHO建議策略及美國感染症醫學會之抗生素管理計畫指引，從民國102年起積極推動全國性「抗生素管理計畫」，採取專案管理中心、示範中心及參與醫院三層次執行，以抗生素合理使用及感染管制為二大介入措施，於院內建立跨職類及科別合作的管理計畫，在高階主管的支持下，由感染科及各科部醫師、藥師、感染管制師、護理師、醫檢師及資訊人員共同參與，並透過內部及外部評核作業，促進抗生素專業合理使用，期達成減少抗生素耗用量、降低抗藥性細菌感染及降低醫療照護相關感染三大目標。該計畫經1年之執行，示範中心住院病人臨床檢體CRAB比率下降6.6%、住院病人抗生素總耗用量(DID)下降2.3%、醫院醫療照護相關感染密度下降12%，已初見成效。