ESBL廣泛傳播使Carbapenem類抗生素用量累增；造成對Carbapenem類抗生素抗藥性腸道菌(Carbapenem-resistant Enterobacteriaceae, CRE)也快速發生，對Carbapenem產生抗藥性的機轉很多，最常見的就是Carbapenemase產生，其中包括含帶有特殊抗藥性基因的KPC和NDM-1在全球各地快速的傳播。2011年臺灣有KPC-2群突發報導、2012年有NDM-1的個案報告、2014年有KPC-3的個案報告。此菌株和以色列及美國的菌株在基因上相似度極高，代表可能也是一個全球性的傳播。因此瞭解臺灣抗藥性腸內菌基因型變異流行病學現況，讓醫院能全面掌握並有效介入處置遏制流行乃變得相當重要。
　　容易產生CRE的危險因子包括：使用廣效性的頭胞子素及Carbapenem，另外複雜性的潛在性疾病(DM, liver cirrhosis, ESRD)和侵入性的醫療裝置( Ventilator, foley catheter)都是容易導致CRE感染的危險因子，從台灣這兩年(2012-2013)進行的全國性多醫學中心所收集的CRE菌株研究發現，大部分的檢體均來自尿液與痰液，其中包含了114株的KPC及4株的NDM-1。這些KPC菌株的電泳分析發現，以基因變異度80%為區分依據，進行菌株間關聯性分析，在同一家醫院與不同醫院間有同一個Clone存在的情形，且大多分布在北部少數幾家醫學中心。KPC菌株經過定序和序列比對後，除了2012年有株KPC-17外，其他都是KPC-2，兩年度CRE菌株之KPC抗藥性基因檢出率為分別為15.8%（54/341）及20.4%（46/226），有逐年逐月升高趨勢且以北部居高，其次中部。K. pneumoniae中持續不斷感染KPC菌株的個案增加，2013年跟去年同期比之KPC變化趨勢顯示，20家醫院共有7家出現警訊，比例達35%。經回饋通知機制，該院積極調查介入處置後，均呈現下降趨勢或零檢出，顯見成效。
　　至於KPC的治療，仍然以組合療法為主，有效的藥物包括Tigecycline、Fosfomycin、Colistin、Aminoglycosides及Carbapenem ( depend on MIC result ) ，抗藥性細菌的監測必需更要受到重視，且經全面系統性監測，才能及時發現並儘速採取介入措施。