非傷寒沙門氏菌（non-typhoid salmonellae）是一種藉由各種食物、水為媒介之人畜共通感染病原菌。它是人類腸胃道感染的重要病原菌之一，除了危害人類，在畜牧業也是重要的病原菌。台灣地區由腹瀉與食物中毒案例之人類檢體中所分離出的沙門氏菌，以鼠傷寒沙門氏菌（S. Typhimurium）與腸炎沙門氏菌（S. Enteritidis）為最常見。在嚴重感染，如敗血症或其他非腸道感染時，豬瘟沙門氏菌（S. Choleraesuis）也很常見。在世界各地，沙門氏菌汙染也經常是造成食品中毒案件的主因；其中，鼠傷寒沙門氏菌與腸炎沙門氏菌一直分佔沙門氏菌分離率之前二位。以家畜而言，沙門氏菌亦為牛、豬等動物之重要傳染病，會引起腸炎、敗血症、關節炎與流產，其中鼠傷寒沙門氏菌為最重要之致病菌之一。綜合上述，鼠傷寒沙門氏菌對於人畜皆為重要之致病菌。在治療成人之非傷寒沙門氏菌感染時，抗生素通常不建議使用於一般腹瀉的病患。但是，在嚴重感染如敗血症，或是其他非腸道之局部病灶，以及嬰兒感染沙門氏菌時，則需考慮施用抗生素。用於動物飼料及動物治療用之抗生素有penicillin、tetracycline、aminoglycosides、macrolides、sulfonamides等五大類，fluoroquinolones於某些歐洲國家亦有使用。由於抗生素的過度使用，對各種抗生素具抗葯性的菌株，可自不同來源分離出。近年來，多重抗藥性之鼠傷寒沙門氏菌菌株，更是逐年增加，甚至出現對fluoroquinolones與第三代廣效頭芽胞素（cephalosporin）抗生素具抗藥性之菌株，成為臨床治療沙門氏菌感染的一大問題。根據長庚醫院這幾年長期監測的結果顯示，沙門氏菌對fluoroquinolones與第三代廣效頭芽胞素抗生素的抗藥比率逐漸上昇。這可能是由於本地區民眾及醫師之醫療習慣，使用抗生素之情形可能仍屬普遍；而動物飼料添加抗生素作為生長促進劑，亦不少見。先前曾有學者報告，抗藥性菌株可能與畜牧業過度使用各種抗生素有關，這些抗生素殘留於肉品或是牛乳中，便有可能篩選出對這些抗生素具抗藥性的菌株，進而經由食物鏈造成人類感染。經由比對分離自人類與腸胃炎牛隻之鼠傷寒沙門氏菌的脈衝式電場膠體電泳（pulsed-filed gel electrophoresis; PFGE）與抗生素圖譜，證實人體分離之多重抗藥性鼠傷寒沙門氏菌菌株是經由動物為媒介。抗藥性菌株的增加，反映著環境中抗生素之濫用。以抗生素之非臨床用途而言，工業國家生產之抗生素，有一半以上用於農畜牧業，預防或治療微生物感染，並作為生長促進劑。此種抗生素之非臨床用途，是造成抗藥基因傳播最主要的原因。其他原因則可包括環境因素，如動物糞便污染水源，動物屠體，環境中微生物抗藥基因互相傳播等。此外，抗生素用量增加，未善加管理，均是造成抗藥性菌株增加的主要因素。由於鼠傷寒沙門氏菌為人畜共通病原菌，台灣地區地狹人稠，可能為臨床與畜牧業兩種來源的菌株都具有多重抗藥性之重要原因。