有關院內抗藥性菌種增加的主要控制措施，便是對抗藥性細菌院內感染群突發的管理，包括抗藥性細菌監測（surveillance）、感染病患集中照顧（cohorting）、避免共用物品、落實手部衛生及隔離（isolation）或防護措施（barrier precaution）、加強環境及醫療儀器物品等之清消作業，並進行工作人員相關措施之遵從率稽核、使用含Chlorhexidine 成分之消毒劑進行擦澡、儘早出院（early discharge）及合理抗生素之使用（antimicrobial usage）等，都是有效的方式。病房必須提供標準之洗手設備、採取隔離作業、有足夠的病床空間（病床與病床間隔至少一公尺）以及良好通風，以防止（包括抗藥性菌株）細菌散佈。感染控制活動最好藉由積極有效的感染控制計畫進行統籌管理。例如由台大醫院的手部衛生研究，納入了將近10年大量的醫院樣本分析，結果顯示若醫院建立感染控制計畫(如手部衛生推行)，積極監督和控制相關要素，可有效降低院內感染的比率及減少醫療資源花費。尤其諸如教育和推動計畫、改良設備及績效回饋等介入手段，均可提高醫療人員遵從度，提升洗手的比率。執行防護措施可有效減少傳染比率，進而降低抗藥性病原傳佈。提升洗手及使用手套和防護衣的比率可降低院內感染率。帶有特殊抗藥性細菌移生或感染病人以單人病室隔離為優先，若無單人病室則集中照護(cohort) 為原則，或以同類病人集中收治於多人病房並相距一公尺以上距離且有隔簾區隔，在注意病人的隱私下，標示出帶有多重抗藥性微生物感染或移生的病人，加強病人及家屬衛教，及落實環境清潔消毒，尤其是經常接觸的表面(如床欄、床上桌、病房的廁所表面及門把等)以及鄰近病人的設備，避免和他人共用物品，如耳溫槍、血壓計、聽診器等應單獨使用，工作車、治療車、換藥車等盡量不推入病室，如因醫療所需推入病室，於離開時應立即進行清消作業，以避免病菌散播。由於醫院環境多重抗藥性細菌移生(colonization)現象十分普遍，因此開立抗生素必須審慎評估使用抗生素的適應症，合理之抗生素使用原則，包括：審慎評估是否需要使用抗生素、以治療準則使用首選藥物(drug of choice)、藥物過敏史、抗生素對感染部位的穿透力(藥物動力學)、藥物可能的副作用、是否需要合併抗生素治療、是否需要外科清創引流或拔除植入物、對於已知可能致病之微生物考慮降階治療。