膀胱過動症的治療，第一線的治療是行為治療，第二線的治療是藥物治療，第三線的治療是藥物之外的治療，包括肉毒桿菌注射、脛骨神經刺激、薦骨神經調控和膀胱擴大手術。
　　根據美國泌尿科醫學會的膀胱過動症治療指引，肉毒桿菌素治療膀胱過動症，通常是在膀胱鏡的輔助下，平均將100單位的肉毒桿菌素注射在膀胱內的20-30個點，目前健保對於已使用口服藥物超過三個月，無法忍受副作用，或是效果不佳的患者有給付，注射後須注意患者是否出現泌尿道感染、解尿困難、餘尿增加或是尿滯留等副作用。注射後能減少頻尿感、急尿感、急迫性尿失禁和夜尿的狀況，一般能維持三到六個月的療效，可重複注射。
　　薦骨神經調控能增加對膀胱和腸道的控制，其作法是在薦骨神經周圍給予電刺激訊號，藉此影響骨盆肌肉、下尿路、大腸、尿道和肛門的括約肌等。由於薦骨神經調控須置入電刺激晶片，因此常見的副作用為植入處疼痛、裝置移位等。
　　脛骨神經刺激則是藉由電刺激脛骨神經，改善包括頻尿、急尿等膀胱過動症狀。
　　臨床上當藥物治療無效時，可是病人需求協助其選擇其他適當療法。