透過對疾病的自然病程及接受治療後的變化，我們可了解疾病的最佳治療，並在治療過程中，針對發生的狀況，做合適的處置。
　　甲狀腺功能異常及結節是臨床上常見的病症。抗甲狀腺藥物是治療甲狀腺高能症之第一線治療，平均6%的患者在藥物治療後會出現癢或起皮疹的副作用，嚴重的副作用(如agranulocytosis，肝細胞損害和ANCA-positive vasculitis)則為罕見，在停藥兩年內，約有六成的患者會復發，大多數發生於停藥後3-6個月。如以手術(subtotal thyroidectomy)治療，術後二到三年內，甲狀腺低能症的發生機率為51.2~86.1%，而復發的機率為5.3~14.1%，出現永久性副甲狀性功能低下的機率約為1%，反喉神經受損的機率則為1%;如以total thyroidectomy治療，則不易復發，但會變成甲狀腺低能症，出現永久性副甲狀性功能低下的機率為3%。如以低劑量碘-131治療，則甲狀腺低能症第一年的發生機率為12%，十一年後累積發生率為76%，故碘-131治療後，定期追蹤甲狀腺功能是必要的。
　　亞臨床性(subclinical)甲狀腺高能症患者較正常甲狀腺功能正常者有較高的心臟血管疾病、死亡及心房顫動的風險，甲促素(TSH)<0.1mU/L的患者發展成明顯甲狀腺高能症的風險(hazard)一年至少為0.102，甲促素介於0.1~0.4mU/L的患者發展成明顯甲狀腺高能症的風險一年至少為0.021，根據患者的併發症及變成明顯甲狀腺高能症的風險，我們可訂定適當的追?及治療方針。亞臨床性甲狀腺低能症患者也有較高的死亡率，甲促素介於6~12mU/L的患者發展成明顯甲狀腺低能症的十年累積發生率為42.8%，而甲促素大於12mU/L的患者發展成明顯甲狀腺低能症的十年累積發生率則為76.9%，對於甲促素大於10mU/L的患者應考慮治療。
　　甲狀腺癌為一預後良好的癌症，目前已為女性癌症發生之第五名。甲狀腺乳突癌為台灣最常見之甲狀腺癌，10年和20年整體存活(overall survival)率分別為90和76%，而10年和20年疾病別存活(disease specific survival)率為95和90%。濾泡癌為次常見之甲狀腺癌，其10年和20年整體存活率分別為75和55%，10年和20年疾病別存活率分別為83和75%，兩種甲狀腺癌症在復發後，其存活率皆明顯下降，故局部及遠處轉移之探測為其追?之重點。