臺灣C型肝炎病毒感染人數僅次於B型肝炎，估計C型肝炎的感染人數約40-60萬人，病毒的基因型分佈以1b最多約占54.8%，2a次之約占28.5%。依據肝病防治學術基金會於本(2016)年公佈最新調查指出，國人C型肝炎盛行率約4.2%，其中以雲嘉南盛行率最高為7.3%，國人早期感染原因以醫源性(使用污染器械或針具等)為主(76.1%)，其次為輸血(26.8%)、紋眉或刺青(21%)。
　　依疾病管制署之監測資料顯示，2006-2013醫療院所每年通報數約10-150例不等，2014年為提升監測效能修改病例定義，擴大監測有臨床症狀之個案及C型肝炎抗體陽轉之無症狀個案；近2年個案數約200-220例/年；年發生率約每十萬人口0.9；性別比為男性(67%)>女性(33%)；感染年齡主要發生在20歲以上，且隨年齡增加而遞增。此外，本署研究調查發現，近5年HIV(+)感染急性C 型肝炎有增加趨勢，其中MSM且罹患梅毒為主要感染危險因子(83%)，此與國外急性C型肝炎傳播的流行病學改變相似，在歐洲、美國、日本、澳洲等均有報告，依流病調查結果發現其感染原因與曾感染性病或使用娛樂用藥有關。
　　鑑於臺灣為C型肝炎高盛行率地區，衛生福利部刻正研擬「C型肝炎國家型防治計畫」，由中央健康保險署、國民健康署及疾病管制署共同執行。疾病管制署負責急性C型肝炎之預防，工作項目包括：疾病監測、衛教溝通、肝炎檢驗品質、醫療機構感染管制措施、愛滋病指定醫院照護品質及靜脈注射藥癮者清潔針具計畫等策略，除持續加強急性C型肝炎之預防措施外，並提升政府與民間團體及產官學界之合作，以降低急性C型肝炎之傳播。
　　WHO已宣示2030年病毒性肝炎防治的全球目標，台灣病毒性肝炎防治策略要與WHO接軌，並需視國內病毒性肝炎流病的發展趨勢，不斷地進行相關策略的調整，期待台灣防治經驗能和與會專家資訊交流，大家集思廣益共同朝向病毒性肝炎防治目標努力，讓病毒性肝炎不再是國內主要的公共衛生威脅。