Tw-DRGs自民國九十九年開始實施第一及第二階段以來，醫界累積不少經驗。從實證資料可以看出：
1.以心臟血管外科手術為例，Tw-DRGs支付制度使得區域醫院並不因近年來冠狀動脈介入性　治療的大幅成長而減少冠狀動脈手術數目；反而在相對賠錢的瓣膜手術及高風險的主動脈　手術大幅成長。至於醫學中心，則仍謹守本分的在急重症領域打拼，中高風險的心臟血管　手術仍有成長；但是低風險的周邊血管手術的成長幅度明顯放緩，符合分級醫療理念。從　而，Tw-DRGs支付制度並未對急重症領域的心臟血管外科造成負面影響，區域醫院手術　數目增幅反而高過醫學中心。故而，人球事件的預言似乎沒有發生。
2.DRG支付方式以全國為計算基礎，對成本較高的醫學中心不利。因此，醫學中心實施Tw-　DRGs正價差率低於全國。基本診療加成率雖然依據醫療機構層級而有區別(醫學中心　7.1%、區域醫院6.1%、地區醫院5.0%)，但是不同層級醫療機構之成本差距遠超過1%。醫　學中心重症病例多，人事設備成本高，基本診療加成率不足以反映此等差距。
3.刪除CMI加成對重症病例多的醫學中心不公平，對真正的重症醫療專科更不公平。重症醫　療專科本就成本高、獲利低，但其存在尚有助於提高全醫院的CMI值。故而，對醫院言，　重症醫療專科尚有存在價值。現在CMI加成刪除，重症醫療專科對醫院而言，其地位更是　一落千丈。於今之計，CMI計算公式應該修正，將特材扣除後再計算。然後，不應全院加　成，應該集中於高CMI值的DRG加成，方符合公平正義。
4.由於相對權重及標準給付額之計算至少需要半年以上的全國資料，對於日新月異的新的藥　物與醫材，無法隨時更新。不但延緩醫學進步，而且損害病人權益。從而，高價醫材與高　價藥物是實施第三階段Tw-DRGs的最大阻力。
　本文建議實施第三階段前，Tw-DRGs應做下列修正，方能有效降低實施第三階段Tw-DRGs的阻力。
1.基本診療加成率應對醫學中心增加，以反映醫學中心之成本。
2.CMI加成不僅不應刪除，反而要將全院加成的部分用於提昇重症醫療專科的DRG之CMI加　成幅度，方有助於避免「五大皆空」惡化。
3.有健保給付之高價醫材與高價藥物應採外加方式(Add on)，核實申報。