胃癌依分子分類可分為四型：Epstein-Barr病毒陽性型，微衛星不穩定型，基因體穩定型，染色體不穩定型。前兩型在所有胃癌中比例較低，但預後較好，且可能受惠於免疫療法。少數胃癌有Her2基因過度表現，這些病人可能受惠於抗Her2的治療方法。腸胃道和胰臟的內分泌腫瘤，可分為分化良好型和分化不良型的腫瘤。前者以標靶療法為主，後者以化學療法為主。在2017年版的WHO分類，對於此兩類腫瘤的診斷標準有所更新。Ki-67，DAXX, ATRX, Rb, p53的染色有助於區分此兩類腫瘤。SSTR2A的染色可以幫助預測somatostatin analog的療效。肝內膽管癌和肝門區及肝外膽管癌的分子機制是不同的。肝內膽管癌可分為cholangiolar type及bile duct type。有部分的cholangiolar type 肝內膽管癌有FGFR2的轉位。此類膽管癌對FGFR的抑制劑會有反應。此外cholangiolar type的腫瘤有少數會有IDH1/2基因的突變。目前IDH1/2的抑制劑在血癌已有成功的案例，未來可望運用在膽管癌上。