懷孕對甲狀腺有很大的影響。懷孕時碘需求量會增加，建議為一天大約攝取250微克的碘。懷孕時甲狀腺功能的判讀也與平常不同，建議每個實驗室應就個別使用的試劑、不同的人種做出不同的孕期的甲狀腺功能正常值。
　　在所有不孕的婦女皆要考慮測量甲狀腺功能。甲狀腺功能正常的孕婦若有TPO 抗體或甲狀腺球蛋白抗體，在孕期當中需要監測甲狀腺功能。所有甲狀腺功能過低的孕婦都需要接受四碘甲狀腺素的補充。亞臨床性甲狀腺功能低下的孕婦，因不同的抗體狀況而有不同的處理方式。甲狀腺功能亢進的孕婦，需要判斷病因是真正的葛雷夫茲氏症、或是妊娠期一過性甲狀腺毒症(Gestational Transient thyrotoxicosis)、或是其他較少見的引起甲狀腺亢進的原因。若是葛雷夫茲氏症引起的甲狀腺機能亢進，需使用抗甲狀腺藥物，建議在第一孕期使用propylthiouracil，在第二、三孕期使用methimazole或carbimazole，並監測甲狀腺功能、依此調藥。若是妊娠期一過性甲狀腺毒症，建議採用支持性療法並監測甲狀腺功能。
　　目前並沒有足夠建議支持在所有的孕婦都篩檢甲狀腺功能，僅建議下列患者接受TSH的檢查: 大於30歲、有甲狀腺疾病病史或家族史、之前有甲狀腺抗體異常、罹患第一型糖尿病或其他自體免疫疾病、流產或不孕史、頭頸接受過放射線照射、使用amiodarone、鋰鹽、近期使用含碘造影劑、住在嚴重碘缺乏地區、甲狀腺腫等等。
　　甲狀腺結節患者接受細針穿刺細胞學檢查的標準與一般人相同，此檢查並不會增加孕婦與胎兒的風險。根據不同的細胞檢查的結果會有不同的建議，一般來說是比未懷孕者作法保守，若需手術、除非明顯惡化或特殊情況、否則大多建議在第二孕期進行。