成人腸道中含有各種共生菌，每公克糞便約有1014細菌。胎兒在子宮內每天吞進的是無菌羊水，因此它的腸道是比較接近無菌的狀態。有趣的是剛出生嬰兒如何獲得其菌叢？而其腸道菌又如何轉變成像大人一樣的型態？嬰幼兒腸道菌種、數量的演進與很多因素有關，例如生產方式、餵食方式、住院設置或母親健康狀況、種族、以及生活環境。傳統研究腸內菌是靠培養法，其敏感度不易掌握，往往決定於培養方式（如培養液的選擇）。較新的研究方法是以DNA為基礎，針對細菌共有的16S rDNA序列，探測其為何種細菌。透過PCR擴增整個細菌群落的16S rDNA，接著用次世代基因序列分析以分析複雜的細菌群落。此方法可省去傳統培養法，且可提升腸內菌偵測、鑑別與定量的準確性。目前的資料顯示，由新生兒到三歲之間與成人腸道菌叢存在著相當差異，三歲以後的菌叢型態已經接近成人。
　　腸道是人體最大的免疫器官。它接受無數的細菌從口腔中隨著食物進入，有些細菌會被排出、有些則被腸道細胞所認識而產生耐受性。細菌如何與腸道免疫器官互動以調節全身免疫反應？還有細菌如何與宿主的代謝相互作用？這是當前難解但卻是非常重要的問題。事實上疾病狀態與健康狀態之菌叢亦頗有不同，克隆氏症及肥胖都是很好的例子。不同菌種很可能可以產生相同的生理或病理作用，所以即使因為種族或環境不同，有不同的菌株，但是人類大體生理功能是一致的。我們藉由腸道菌叢分析資料的對應，可以知道嬰幼兒腸內菌的建立與各種情境之關係；亦可藉以了解嬰幼兒發生疾病時，其腸內菌在疾病前、中、後之型態改變。初步已找到與過敏疾病有關的細菌，將來甚至有望經由腸內菌的調節來預防或治療疾病的發生。