與人類共生、居住在人體腸道中數以兆計的細菌，近年來被發現對人類的疾病與健康，有許多重要的影響。人體的腸道菌可以說是一個動態的器官、一座體內發酵工廠、清理分解我們未消化完全的食物，產生各式各樣的代謝產物，進而調節與影響我們的健康狀況。目前已經證實腸道菌與心血管疾病的因果關係，許多便是建立在這些腸道菌特有的代謝產物上。
　　氧化三甲胺（Trimethylamine-N-oxide, TMAO），是腸道厭氧菌與人體共同形成的代謝產物，近年來被認為是導致心血管疾病發生的重要因子。氧化三甲胺的產生主要來自飲食中的肉鹼和膽鹼，當含有肉鹼與膽鹼的食物吃下肚之後，未消化吸收的肉鹼與膽鹼，便會被腸道菌利用與代謝，產生具臭味與揮發性的三甲胺（Trimethylamine, TMA）。三甲胺可以直接被腸道吸收，經由肝門靜脈進入肝臟後即被肝臟細胞的黃素單氧化?（Flavin Monooxygenase, FMO）氧化形成氧化三甲胺進入血液循環中。目前氧化三甲胺已被發現可以透過促進巨噬細胞堆積血管壁、抑制膽固醇回收路徑、與增強血小板凝集活性等機轉，導致血管粥狀動脈硬化與血管栓塞的形成。多項人體研究也已經證實，血液中的氧化三甲胺濃度，在心血管疾病病患族群中，是重大心血管事件的獨立預後因子。目前科學家正積極研究透過調節人體腸道菌來降低體內氧化三甲胺的方法，設法改善心血管疾病的嚴重度與死亡率。
　　除了氧化三甲胺之外，科學家也正積極研究膽酸透過FXR受體對於體脂肪的調節作用、短鏈脂肪酸的代謝與抗發炎作用對於心血管疾病的影響。透過這些新發現的機轉，飲食成分中具有調節腸道菌功能的物質，對於心血管疾病的保護效果，也產生新的思考觀點與藥品開發契機。或許在不久的將來，我們就會在市面上看到，透過抑制或根除某些壞心菌的藥物或配方，作為預防或治療心臟病的方法。