於產前檢查中施行遺傳檢測則涉及較特殊的倫理問題，因為受檢者在遺傳檢測後可能會面臨是否中止懷孕的決定。當父母於產檢中發現胎兒帶有遺傳缺陷時，為了避免「孩子本身可能有某種殘缺或損傷，而造成生命品質不佳」，可能選擇人工流產。然而墮胎的問題牽涉極廣，倫理上長久以來存在對立的立場，「維護選擇權(pro-choice)」者認為懷孕與否是女性與生俱來對自己身體進行支配的基本權利；而「維護生命權(pro-life)」者則認為胎兒的生命權凌駕於其他訴求之上。後者預設了未出生的胎兒其道德重要性等同於成人，應擁有相同的權利。
　　另一個問題是，若產前篩檢的結果是對帶有殘疾和遺傳缺陷的胎兒施行人工流產，這種做法是否是認為帶有遺傳缺陷者較為劣等，因此必須對這種生命加以避免？這種基於優生學的觀點是否也意味著對於某種生命型態的歧視？關於這些爭議，英國醫學會認為社會仍應有積極的作為遏止歧視、保障殘疾者生存的機會，以對殘疾者展現一定的尊重。然而，現今主流的醫學準則多承認「懷有嚴重畸形胎兒的婦女有終止懷孕之倫理權利」並且認定胎兒的父母，特別是女方可判定「嚴重」的程度以及是否要進行人工流產。同時也透過制度的設計，期能讓是否進行人工流產的決定更為周密，例如在諮詢與人工流產之間至少有一天的等待期、醫療人員應反覆提示受檢的婦女，檢測所可能造成的正面和負面效應，或者肯定受檢婦女對於檢測結果有「不知的權利」。我國有關產前檢查與人工流產的相關法律規定，基本上是尊重婦女之意願、鼓勵其擇優而生的。根據優生保健法，經診斷或證明孕婦或其配偶「患有礙優生之遺傳性、傳染性疾病或精神疾病者」，得依懷孕婦女之自願，施行人工流產。