臺大「輻射科學暨質子治療中心」（簡稱-輻質中心）為癌醫中心醫院亮點之一，專為放射治療而設計並有最新進的醫療設備。為了讓規劃更完善，設計及醫療團隊事前參訪國外知名質子中心，並參考專家學者建議來進行規劃，未來的臺大輻質中心具有幾項特點：
(1)光子治療及質子治療整合在同一建築體內：為減少病人及工作人員來回奔波，從設計初期就決定將光子與質子治療設置於同一棟建築內，分別以天橋、人行步道、車道、地下停車場通道與癌醫主體大樓作連接。
(2) 以病人為考量的動線設計：根據門診、模擬定位、光子治療、質子治療等不同病人動線作規劃，每個動線有各自獨立的樓層，減少不必要的樓層往返。樓層安排、電梯數目、手扶梯設計等規劃也考量不同動線每日的負載病人量，讓病患就醫及臨床運作更為順暢。
(3)病人隱私的維護：特殊診療室（如婦科診療/耳鼻喉內視鏡檢查室）之及病人等候區皆有特別規劃，維護就醫之隱私性。
(4)舒適的就醫環境：門診及模擬定位區設計採大面採光，等候區亦朝向寬敞明亮的方向設計，讓整體空間更為舒適，減少就醫的不安感。
(5)高端的儀器設備：輻質中心將採用最先進的質子及光子治療設備，其中質子治療採用全球最頂尖的掃瞄射束技術（scanning technique），提昇治療效果的同時，亦能兼顧良好的生活品質。
(6)理想的工作環境：醫師及各類主管皆有獨立辦公室，醫事人員亦有規劃適當的辦公、更衣及休息區，工作人員與就醫病人動線各自獨立，提昇工作效率並擁有舒適的工作環境。
(7) 臨床與研究的結合：將輻質中心其中一個樓層作為研究專用區域，規劃放射生物、放射物理、基礎醫學、臨床應用等研究相關空間及設備，讓臨床與研究能更緊密結合，提昇學術競爭力。
　　上述規劃設計是希望臺大輻質中心除了提供高品質的醫療與舒適的就醫/工作環境，並與臨床、研究、教學資源整合，以成為亞洲地區首屈一指的癌症治療醫院為目標。