急性腦中風病人住院時，在大部分的情況下，使用何種抗血栓藥物主要取決於病人是否有心房顫動（Atrial fibrillation, AF）。詳細查詢病患是否有心房顫動病史、單次12導程心電圖檢查、進一步的24小時心電圖偵測（Holter monitor）或多次12導程心電圖檢查、胸前心臟超音波（Transthoracic Echocardiography, TTE）都有助於協助醫師選用抗血栓藥物。如果病人沒有心房顫動，那需使用口服抗血小板劑。如果病人有心房顫動，那基本上需使用口服抗凝血劑。過去臨床實務上對於急性缺血性中風有時會使用肝素（Heparin）靜脈注射或低分子量肝素（low-molecular-weight heparin, LMWH）皮下注射，在臨床試驗中並未證實比起口服抗血小板劑有更好的預防再次中風或預防中風惡化效果，且比起口服抗血小板劑會明顯增加嚴重出血的風險，因此美國心臟學會的準則中肝素或低分子量肝素在治療急性缺血性腦中風並沒有任何角色，這幾年臨床實務上也很少再被使用。
　　兩篇大型隨機臨床試驗結果(中國的CHANCE試驗與美國的POINT試驗)與美國心臟學會建議，輕度缺血性中風或短暫性腦缺血（Transient ischemic attack, TIA）的病患急性期接受3周合併兩種抗血小板劑（aspirin加上clopidogrel）治療比起單用aspirin會有較少的再次中風的風險，且嚴重出血的比例並未明顯增加。最近的THALES試驗則是發現合併aspirin與ticagrelor 使用一個月比上單用aspirin，會有較少的再次中風的風險但增加了嚴重出血的風險。
　　如果缺血性中風病人有心房顫動，那基本上需使用新型口服抗凝血劑（Novel oral anticoagulant, NOAC），但何時開始使用還沒有大型臨床試驗的結果可提供確切的證據。美國心臟學會建議這類病人自中風後4-14天開始使用NOAC，但如果有出血性轉化（hemorrhagic transformation）則可以考慮14天之後再使用NOAC。歐洲心臟學會與歐洲腦中風學會比較具體的建議短暫性腦缺血1天後可使用NOAC，小中風（minor stroke定義為美國國家衛生研究院腦中風量表NIH Stroke Scale < 8）3天後可使用NOAC，輕度中風（mild stroke NIH Stroke Scale 8-15）6天後可使用NOAC，重度中風（severe stroke NIH Stroke Scale > 15）12天後可使用NOAC。