2003年國內SARS疫情，對民眾生命健康造成重大威脅，且造成醫院爆發院內感染封院、拒收病患等情事，嚴重衝擊醫療體系，並重創國內經濟、亦引起社會恐慌。從SARS記取的教訓，致使台灣積極整備，以迎戰隨時可能爆發的新型流感及其他新興傳染病。重要防疫整備策略的改革包括：中央指揮與管理體系的組織再造、修法增加法律規範的強制力、改善疫調與疫情通報的能力、強化醫院感染管制與實驗室生物安全規範、加強科學研究與實驗室診斷的量能、建立防疫物資和抗病毒藥劑戰備庫存、提升疫苗自製能力等。此外，鑑於新興傳染病可能具高致病性、高死亡率之特性，對臨床照護人員威脅性大，亟需較高品質之隔離照護，因此政府於SARS疫情後實施的「新興傳染病風險監測及應變計畫」，特別建置傳染病防治醫療網，指定專責之隔離醫院（含應變醫院）集中收治高傳染性或致死性新興傳染病病患，於新興傳染病疫情發生時可依法啟動、收治病患，保全國內醫療體系之正常運作及各類病患之妥善收治，確保民眾生命安全、降低社會恐慌。目前全國22縣市均有指定應變醫院，包含6家醫療網區應變醫院，疾管署逐年編列預算補助網區應變醫院辦理負壓病房硬體設備強化及病患收治品質提升等相關業務。台灣由於SARS的流行，付出慘痛的代價，而從這教訓中所學習到的知識及準備工作，對過去17年當中接連不斷的本土疫情（如：登革熱、季節性流感及腸病毒71型）和國際疫情（如：禽流感、伊波拉、MERS、茲卡）的防控已展現成效，更是台灣今年遭遇全球新冠病毒大流行疫情能成功防守的基石。