慢性腎臟疾病（CKD）是一個全球性的健康問題。腸道微生物群落（微生物群）的變化及功能的改變及腸道屏障功能損傷造成的腸道菌群失調，常見於慢性腎病（CKD）患者中；失調的腸道菌群產生大量的尿毒素，造成腸道屏障被破壞，從而讓毒素易位進入全身循環。越來越多的證據表明，患有CKD的人和動物在宿主和微生物組之間存在雙向關係。微生物群組成和結構的變化（生物代謝異常）會產生過多的尿毒症毒素（例如，??酚硫酸鹽，對甲酚硫酸鹽和三甲胺-N-氧化物），同時有較少的腎臟保護性代謝產物。這些尿毒素涉及氧化自由基，尿毒症，炎症，惡化CKD患者的腎功能，並且有較高的心血管風險和死亡率。高尿素濃度會顯著改變腸道中的微生物群，導致產生抗炎和代謝分子的細菌菌株減少，並且可以代謝尿素但也產生尿毒素的細菌菌株增加，包括硫酸??酚和對甲酚硫酸鹽。目前的腸道菌群研究集中在腸道菌群和腎臟疾病，如CKD，IgA腎病和腎結石疾病之間的致病性關聯。當然，腸道菌群對腎臟疾病影響的新穎研究可能有助於開發治療策略，從而避免或治療上述疾病。