近年來重複性經顱磁刺激術(rTMS)不僅在研究領域發展快速，在臨床應用方面也已累積不少經驗。以神經疾病而言，自1994年開始就有學者運用rTMS嘗試改善巴金森氏病患者的動作障礙，截至去年(2019)為止已有超過960位巴金森氏病患者接受過各式rTMS治療。雖然療效可能受許多因素影響，如疾病病程及左多巴類藥物等，但現有結果也顯示以rTMS刺激運動皮質相關區域對巴金森氏病的動作症狀是有臨床效果的。事實上，rTMS在動作障礙疾病的診斷與機轉探討上扮演更重要的角色，例如肌張力不全症、原發性顫抖、巴金森氏病患者的異動症等，藉由暫時性改變腦皮質區的神經活性，研究者及醫師可以推知病患運動神經系統是如何受到疾病影響的。中風後的復健也是rTMS經常出現的應用場域，許多研究報告指出，中風患者若於受損腦對側大腦施予低頻rTMS或同側大腦施予高頻rTMS，都可能獲得更好的復原機會，如果再配合物理治療或職能治療，效果會更顯著。中風後的失語症也有不少報告指出rTMS具有正面效果。偏頭痛是神經科常見的疾病，對於具有預兆的急性偏頭痛發作或再發的預防，rTMS都被證實有療效，因此 2013年美國食品藥物管理局正式核准通過rTMS可用於偏頭痛治療。其實許多慢性中樞神經敏感化後引起的神經痛，對rTMS的介入治療也是有反應的，只是目前研究對於治療參數的選擇及總劑量等資訊仍不完整，有待更多的研究結果證實。失智症是神經科另一項常見的疾病，盛行率隨著人口老化逐年增加。除了傳統的藥物治療，應用非侵入性的rTMS也出現不少報告。雖然應用的方式分歧，結果也不是很一致，但整體而言，將rTMS應用於失智症或輕度認知功能障礙的輔助治療看來也是可行的。創傷性腦損傷是臨床上治療相當棘手的疾病，雖然目前文獻報告為數不多，但也有學者認為rTMS在這方面具有角色。綜上所述，rTMS因具有調塑神經活性且非侵入性的特點，使得它被應用在神經疾病的治療上日益廣泛。但我們也需切記它仍是一種介入性治療，除了考量施測者要有正確的施測技術和背景知識外，也有許多病患本身的因素會影響治療的效果，如何減少個體間的結果差異性或許是目前執行rTMS治療最大的挑戰。