全民健康保險自民國84年開辦迄今，醫院家數大幅銳減，醫療產業由自由經濟市場轉入計量經濟導向，醫院的經營管理開始面臨重大的轉折，醫療科別的生態發展也因為健保市場的導向、支付標準的改變而產生質變的效果，以全民健康保險醫療費用支付問題為主體，來看歷年醫院總額成長率、協商歷程、健保對策評論來分析、探究，預計由四個段落的說明，讓與會先進瞭解醫院今日面臨來自健保給付的問題。
一、 從現行醫院經營成本高增、醫療科別五大皆空等問題，與現行健保總額支付制度，長年入不敷出的健保財務缺口及長年失修的全民健康保險支付標準表密切相關。全民健康保險支付總額，分析其非協商因素、協商因素、專款專用及門診透析的內容，檢視過年歷年醫院總額的成長率，老年人口及重大傷病相關醫療費用占大部分，其他部分醫療費用成長甚少是問題癥結。
二、 全民健康保險支付標準表，係原由過去勞保時期的費用結構過渡至健保時代，大部分項目未合理調整相對點數，造成醫務成本與保險給付的失衡，有必要全面檢討，但其工程之浩大亦是一大難題。健保局先前擬藉由RBRVS的方法及設計以看診時間長短以調整支付標準之建議，但其計算基礎引來醫界許多爭議。
三、 全民健保協商歷程應予以合理調整，現行健保協商政治及民粹幹預過多，協議缺乏數據基礎，造成醫院日後經營的困難。